10 tahun berlalu sejak kemenangan Inazuma Japan pada kompetisi FFI, dunia sepak bola telah berubah. Sepak bola remaja kini sepenuhnya diatur oleh Fifth Sector, suatu organisasi yang dipimpin oleh Takhta Suci, Yang Mulia Alex Zabel. Organisasi ini, selain mengatur kepelatihan, juga mengatur skor akhir pertandingan bahkan jauh sebelum pertandingan dimulai dengan alasan untuk menjaga gengsi dari setiap sekolah. Para pemain tidak bisa melawan, karena jika melawan, klub Spacetoon sepak bola mereka akan dibubarkan. Matsukaze Tenma, seorang siswa baru di Raimon Junior High, yang sangat menyukai sepak bola, bersama Nishizono Shinsuke, sahabatnya, masuk ke klub sepak bola ini. Mereka membawa harapan baru kepada klub sepak bola ini, dan bahkan seluruh sepak bola remaja di Jepang, karena mereka bersama dengan klub sepak bola Raimon yang pada awalnya menyerukan 'reformasi sepak bola'. Namun perjuangan tak semudah yang dibayangkan. Pelatih mereka, Kudou Michiya, dipecat oleh Fifth Sector karena dianggap membangkang. Klub sepak bola Raimon kini menantikan pelatih baru. Ternyata, pelatih mereka yang baru adalah Endou Mamoru! Apakah mereka berhasil melakukan 'reformasi sepak bola'?
